Egy 13. századi oklevél szerint Debrecen mellett volt egy Torna nevű falu, amelyet később Boldogasszonynak szentelt (Árpád kori) templomáról Boldogasszonyfalvának, esetleg Boldogfalvának neveztek. Ebből a templomból maradt meg a Boldogfalvi kehely (aranyozott réz). Dósa Nádor unokái 1366-ban a debreceni Szt. András Egyháznak adományozták Boldogfalva erdejét, innentől megindult a küzdelem Boldogfalva beolvasztásáért, vagy önállónak magmaradásáért. A reformáció során Boldogfalva még különálló települése volt, a lakossága áttért a református hitre, ebből az időből is van egy kelyhe, (aranyozott ezüst). Az utolsó lelkész 1656-ig szolgált itt.

A beolvadás után nem sokkal települt erre a területre az Ispotály, amelyet Boncz László alapított 1529-ben és egészen eddig a belvárosban működött. A tevékenysége Debrecen szegényei és öregségükre egyedül maradt polgárainak gondozása. A terület épületei leégtek 1681-ben. 1704-ben épül fel az Ispotály templom, valószínűleg a tornya csak ezután. 1811-ben újabb tűzvész rongálja meg a templomot, minden berendezésével együtt. 1856-ban bezárják a templomot, mert annyira rossz állapotba kerül, néhány évtized múlva újra leég. 1901-ben építették újjá.

1944. június 2-án Debrecen bombázásakor találatot kapott, a körülötte levő Ispotály épületek szinte mindegyike megsemmisült (ma egy áll közülük). A templomot életveszélyesnek nyilvánították, ezért fel kellett robbantani. Az ispotályi gyülekezet a megmaradt Ispotály épületében folytatta hitéletét, mindvégig reménykedve abban, hogy visszaépülhet elvesztett templomuk. A történelem során ez mindig sikerült, de a politika most nem engedte meg.

1949-ben, a nagy Debreceni Egyházközség felosztása során önállóvá vált az Ispotályi Egyházközség is, akik magukra maradtak nemes szándékukkal. Akkor tettek le végképp róla, amikor államosították az istentiszteletnek helyet adó épületet is és az egyházközséget a Kistemplom fogadta be 1972-ben. A 2. világháború pusztításában megmaradt templomi berendezési tárgyak: szószékkorona, Mózesszék, keresztelőmedence, melyeket a Kistemplom őriz.